Направления работ, проводимых в НИИ Системных исследований РАН, включают:
комплексная разработка сложно-функциональных блоков, СБИС, систем на кристалле и модулей на их основе, производство микросхем и модулей;
архитектура, системные решения и программное обеспечение информационно-вычислительных комплексов нового поколения;
системное программирование.
Целью деятельности являются:
обеспечение опережающего научно-технологического развития и ускоренного внедрения в производство и эксплуатацию научных разработок;
проведение полного цикла научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, включая создание промышленных образцов и линий мелкосерийного производства по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники в Российской Федерации.